Avec la IIIème dynastie, commence la période que les historiens ont appelé l’Ancien Empire qui dure à peu près de -2700 à -2350. Le pouvoir se déplace vers le Nord et ne reviendra vers le Sud qu’à Thèbes. Vercoutter fait peu de mention d’Abydos durant cette période.

Durant le règne d’Houni, dernier pharaon de la IIIème dynastie, plusieurs petites pyramides ont été édifiées à travers le pays, dont une à El-Amrah, à 8 km d’Abydos.  Leurs ruines n’excédent pas 6 m de haut et leur base une vingtaine de mètres de côté.  Leur destination semble obscure.  Tombes de reines ? Cénotaphes ? Représentations de la butte primordiales à côté de temples solaires ?

Il faut signaler ici que , ironie du sort, la seule représentation du roi Chéops de la IVème dynastie est une petite statue de 9 cm de haut trouvée à Abydos  alors que les documents font état d’une statue colossale du roi de plus de 7m de haut qui a disparu.

Ensuite, Vercoutter ne mentionne plus Abydos pendant la IVème dynastie. Pendant la Vème, il fait mention d'un décret du roi Neferirkarê d'exemption de taxes pour un temple, trouvé à Abydos.